Ćwiczenia hatha joga regulują czynność układu wegetatywnego człowieka. Układ wegetatywny jest tą częścią systemu nerwowego, która nie podlega naszej woli. To właśnie dysharmonia w funkcjonowaniu układu wegetatywnego powoduje rozwój przewlekłych chorób. Część z nich, między innymi, nadciśnienie tętnicze, choroba niedokrwienna serca, uogólniona miażdżyca, cukrzyca nazywane „chorobami cywilizacyjnymi”. Sugeruje to, że u ich podłoża leży niekorzystny, niezrównoważony wpływ środowiska na nasz organizm i stan naszego umysłu.
W czasie ćwiczeń, dzięki wzmożonemu napięciu mięśni (działanie izometryczne) i rozciąganiu, poprawia się ukrwienie i przepływ krwi przez stawy, kości, skórę i narządy wewnętrzne naszego organizmu. Stwarza to warunki do szybkiej regeneracji i przebudowy chorych tkanek, łagodzi stany bólowe, a w dłuższej perspektywie biologicznie odmładza cały organizm. Obserwowany współcześnie renesans hatha joga, wynika właśnie z jej ogromnych możliwości terapeutycznych, tym bardziej, że ćwiczyć może każdy, a niektórych schorzeniach, takich jak – osteoporoza, przewlekłe bóle kręgosłupa i stawów – w ogóle nie można jej niczym innym zastąpić. W czasie ćwiczeń hatha joga poprawia się przepływ krwi w dotkniętych schorzeniem okolicach, co powoduje lepsze odżywienie chorych tkanek, szybką eliminację toksyn i zmian zapalnych. W miarę rozciągania okolicy kręgosłupa, wraca do normy uwodnienie i elastyczność krążków między kręgowych, czego wyrazem jest powolne „wzrastanie”, czyli powracanie do wysokości ciała osiągniętej w okresie dojrzałości. Ćwiczenia te wpływają regulująco na aktywność rozlokowanych wzdłuż kręgosłupa skupisk komórek nerwowego układu wegetatywnego. W ten sposób, na zasadzie tzw. odruchów skórno trzewnych, można leczyć rozmaite dolegliwości narządów wewnętrznych, gruczołów wydzielających hormony, takich jak tarczyca, jajniki, trzustka, można także przywracać prawidłowe trawienie i perystaltykę. Niezależnie od momentu rozpoczęcia ćwiczeń szybko daje się zauważyć ich „magicznie” odmładzający efekt. Zmniejszają się zmarszczki mimiczne, znika cellulitis (tzw. pomarańczowa skórka widoczna przede wszystkim na udach), a wszystko to za sprawą niezwykłego efektu poprawy odżywienia i krążenia w skórze i tkance podskórnej.
Należy zaznaczyć, że ćwiczenia hatha joga nie wpływają na nadmierny wzrost masy mięśni, tak jak ćwiczenia siłowe. Pozwalają jedynie wysmuklić sylwetkę i przywrócić jej prawidłowe proporcje. Jeżeli ktoś stale i systematycznie uprawia hatha jogę bardzo długo zachowuje młody wygląd i nie choruje.